Kontrolli Lartë i Shtetit ka konstatuar një sërë shkeljesh nga Agjensia e Zhvillimit Bujqësor dhe Rural në shpërndarjen e fondeve të subvencioneve në bujqësi.
Sipas auditit të realizuar për periudhën 2013-2017 është vënë re se ka mangësi në procedurat e subvencionimit dhe të zbatimit të tyre nga ana e AZHBR. Gjithashtu sipas KLSH financimet për mbrojtjen e ullirit nuk kanë qenë efektive, pasi nuk janë zbatuar siç duhet procedurat e prokurimit, dhe nuk është vepruar në përputhje me kuadrin rregullator,
Viti 2017, konsiderohet një vit i mos-realizimit të objektivave, për shkak se është ndikuar nga lëvizja e stafit në nivelet e larta drejtuese të këtij institucioni. Këto të dhëna i kanë kaluar institucioneve përkatëse dhe është kërkuar përmirësim i gjendjes brenda 6 muajve.